Theo nguyên tắc ghép cặp bổ sung cơ sở DNA, đầu dò màu đỏ cam MALT1 và đầu dò màu xanh lá cây MALT1 được sử dụng để lai với trình tự mục tiêu DNA trong nhân và thông tin trạng thái gen trong nhân được quan sát và phân tích dưới kính hiển vi huỳnh quang.